在办案过程中，纪检监察部门遇到许多新情况、新问题，主要有以下几个方面：
1、案件线索难寻。由于违法违纪的行为越来越隐蔽，通过常规的审计、检查很难查出线索；作为举报主体的群众，也因违法违纪行为的秘密化，难识“庐山真面目”，而无法举报；许多的违法违纪行为涉外性增强，外商常年在外，在他们给予党员领导干部贿赂后，除非被贿赂者未能按其意愿行事，一般是不会向纪检监察机关举报。
2、调查取证艰难。随着涉外违法违纪行为越来越多，即使发现了被调查人有违法违纪行为，因大量的证据在“境外”，人难找，即便调查人员费尽周折，找到有关当事人，对方不愿配合，办案人员往往无功而返。《中国共产党纪律检查机关案件检查工作条例》第二十八条规定：“凡是知道案件情况的组织和个人都有提供证据的义务。有关组织和个人必须如实提供证据，不得拒绝和阻挠”。《行政监察法》也有类似的规定。然而，取证难历来是困扰执法执纪机关办案的难题。
3、纪检监察对象的身份确定会变得复杂。如非党员的村委会主任，如果在管理社会事务、从事公务中违法违纪，还可以以监察对象的身份予以处分，否则不属于纪检监察对象，在处理上形成“真空”，而现有的党纪政纪条规中对此类问题尚无专门的规定。
4、查处手段和业务知识不足。随着入世后新类型的违法违纪行为的不断发生，各级纪检监察机关的办案人员将面临着查办方式和手段的考验。违法违纪人员的高智能化要求我们必须重视外围调查、证据的取得。然而在大部分地区，基层办案人员只能采取一张纸、一支笔的办案方式，办案的设备陈旧，手段单一。电子监督、网络跟踪等先进的办案手段受种种条件的限制而无法采用。办案人员的知识面窄，业务能力不全面，使我们的办案人员在办理普通的违法违纪案件时，得心应手，一旦遇到偷税骗税
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