二是营利性和非营利性医疗机构。卫生事业是政府实行一定福利政策的社会公益性事业。因此，医疗机构就有营利性和非营利性之分。凡是政府举办的综合医院都是非营利性的，非营利性医疗机构的经营性质是公益性的福利机构，政府举办非营利性医疗机构的目的是为公众利益服务。所以，非营利性医疗机构不以营利为目的，要承担各级政府所赋予的包括医疗、预防、妇幼卫生、健康保健、医学教育、人才培养等各项工作。非营利性医疗机构的设置是以区域卫生规划为原则，以人口人分布、传染病和慢性病的发病率等统计资料为依据，以交通、经济、文化等为背景，也就是根据社会医疗服务需求来设置，其资金来源主要是由国家财政补贴，不承担纳税义务。非营利性医疗机构必须实行价格管理，建立年度财务审查制度，一旦背离了非营利性医疗机构的规定，政府将依法征税。对非营利性医疗机构所取得利润只能用于非营利性的项目，如社区卫生服务、健康教育、科研、预防保健，不得用于其它事业投资，资产归属于社会公益。营利性医疗机构是以盈利为目的，实行企业化管理，自主经营、自负盈亏，可以根据市场的需求，服务于大多数人群或特殊群体，价格放开，资产的处理也由自己决定，需照章纳税。
三是"三项改革"的重点和难点在医疗机构改革。目前，医疗保险制度改革的覆盖面在逐步扩大，并且基本实现了医保统筹基金收支平衡，略有结余，药品生产流通体制改革也在不断推进。但是，"三项改革"的核心、难点和重点是医疗机构改革。基本医疗保障制度改革是通过医院来实现的，医保机构购买医疗服务提供给参保职工，医院若不按照医疗保险的规定开展医疗服务，合理用药、合理检查、合理收费，医保基金就难
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