儿童自发的探究、科学家的探究与教师指导下的探究三者的不同是明显的：
首先，从探究在探究主体认识世界的众多方式中的地位来说，儿童自发的探究基本上是儿童认识世界的主要方式，科学家的探究也是科学家深化人类对世界的认识的主要方式(没有人告诉科学家答案是什么)。但对于中小学生来说，教师指导下的探究却只是他们认识世界的方式之一。因为儿童在中小学阶段不学习大量必需的、基础的科学文化知识是无法适应现代社会与生活的需要的。而且儿童既没有足够的时间、充分的条件和能力对所有这些知识都经历探究的过程，也没有这个必要。因此，直接的“授受式学习”也是中小学生学习的重要方式，这是毫无疑问的。
其次，儿童自发的探究与科学家的探究都基本上是在没有外部指导的情况下自主开展的，尽管在探究的诸多实践中，儿童和科学家也可以通过自己的反思和相互间的交流，来总结经验与教训，从而不断提高自己的探究能力与水平，但那基本上是一种自我教育的长期摸索模式。教师指导下的探究则是一种迅速提高学生探究能力的省时学习与发展模式，为了提高学生的探究能力，教师对于如何安排探究、探究过程中学生自主活动的重点是什么
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